همسانه سازی ،بررسی توالی نوکلئوتیدی وهمردیفی نوکلئوتیدی وپروتئینی ژنmt- nd۱ درمرغ های بومی خراسان

به دلیل سرعت بالای تکامل ژنوم هسته ای، مطالعات تکاملی بر روی ژنوم میتوکندریایی صورت می گیرد. از سوی دیگر تغییرات نوکلئوتیدی (جهش) در ژنوم میتوکندریایی یکی از مهمترین دلایل در ایجاد بیماری در مهره داران است. هدف از این پژوهش شناسایی، جداسازی و همسانه سازی ژن nd1 از ژنوم مرغ بومی خراسان و مقایسه آن با سایر توالی های ژنومی و پروتئینی این ژن به منظور بررسی جهش های احتمالی است. بدین منظور، از نمونه خون مرغ بومی خراسان، استخراج شده و پس از طراحی آغازگرهای اختصاصی این ژن با استفاده از توالی نوکلئوتیدی مرجع و انجام واکنش زنجیره ای پلیمراز جهت تکثیر ژن، محصول واکنش بر روی ژل آگارز الکتروفورز گردید. باندهای حاصل با استفاده از ناقل خطی ptz57r/t در باکتریe. coli همسانه سازی و توالی یابی شد. مقایسه نوکلئوتیدی قطعه توالی یابی شده با ژنوم مرجع، سه جهش را نشان داد و شباهت 99% در 100% طول خود با توالی کامل ژنوم میتوکندری gallus gallus در توالی های ثبت شده میتوکندری طیور با شماره دسترسی x52392.1 (ژنوم مرجع) gu261719.1، gu261715.1، gu261712.1، ap003318.1، kf826490.1 و hq857210.1 نشان داد. مقایسه پروتئینی نشان دهنده شباهت توالی حاصل با توالی های پروتئینی مربوط به ژن nd1 میتوکندری طیور در بانک اطلاعاتی بود به گونه ای که بیشترین شباهت، 100% در 100% طول خود متعلق به ژن nd1 در gallus gallus spadiceus با شماره دسترسی np 006515.1 و کمترین شباهت متعلق به جنس ها و گونه های criniferpiscator، nyctiousgrandis، cursorius temminckii و aceroswaldeni با 78% شباهت در 100% طول خود بود، همچنین مقایسه توالی با ژنوم مرجع 99% در 100% طول شباهت دارد. مقاسیه نوکلئوتیدی نشان دهنده جهش در سه جایگاه بود که دو جهش ابتدایی آن در ناحیه trna اتفاق افتاده بود و در ترجمه ژن nd1 وارد نشده اند. پس از تبدیل توالی نوکلئوتیدی بدست آمده به توالی اسید آمینه ای، با توالی پروتئینی مرجع مقایسه شد. نتیجه این مقایسه تفاوت در قرارگیری یک اسیدآمینه را نشان داد. در اسیدآمینه 173 آلانین که اسیدآمینه ای قطبی است به اسیدآمینه قطبی ترئونین تبدیل شد.